«У нас все по другому» бывает довольно редко в реальности. Если компания занимается торговлей, то отличия от остальных могут быть только в номенклатуре товаров и организации хранения товара и его движений на предприятии - все это предусмотрено штатным функционалом любой программы. Учёт принципиально отличаться не будет. Потребности все предсказуемы. Например сейчас потребность наладить учёт, не нужно быть «нострадамусом» чтобы предсказать что завтра или через пару лет захочется настроить интернет-магазин и выгружать в него данные из программы или внедрить штрихкодирование товара на складе и пр.
Если компания занимается производством, то тут действительно много отличий, производственные процессы могут серьезно отличаться в разных компаниях, но они так же не уникальны, все давно уже классифицировано и решено, не нужно изобретать велосипед.
Поэтому очень важно к любой автоматизации подходить "системно" и закладывать сразу все потребности на будущее, чтобы потом не оказалось, что такая простая задачка как обмен с сайтом превращается в дорогостоящий проект, из-за того что на ранних этапах просто это не учли.
Второе глобальное отличие компаний может быть в способах «налоговой оптимизации», хотя схемы все давно известны, но именно в учетных программах у многих выбраны разные пути решения этих задач. Напоминаю что все программы "1С" сделаны в соответствии с российским законодательством и в них никаких «чёрных» схем не заложено. Поэтому отчасти задачи решаются либо кустарными доработками, либо использованием объектов программы не по назначению. Даже «Управленческая организация» в некоторых типовых решениях не решает все задачи ведения полностью альтернативного учета. Например, если по управленческому учёту операция должна считаться продажей (печать УПД, учитывать в отчете по валовой прибыли), а по бухгалтерскому учёту это списание на собственные нужды (печать М-11, учитывать в составе расходов), то такую задачу ни в одной программе 1С в рамках единой базы не решить. Можно разделить учёт на разные базы, бухгалтерскую и управленческую и делать выборочную выгрузку данных, у такого выбора так же есть негативные моменты - за выгрузкой надо следить, и следить должен человек. А человек может ошибиться и недосмотреть.
Я считаю что все на предприятии должно быть целесообразным. Цель - деньги в карман учредителям. Более точная формулировка цели - постоянный (ежегодный, ежеквартальный и т. д.) рост притока денег в карман учредителей. Воспринимаем ее как постулат и все оцениваем относительно неё. Если затраты на построение какого либо учёта не сравнимо больше чем планируемая выгода, то стоит ли в это ввязываться? По отношению к цели это вообще будет преступление против основы основ.
Работая с клиентами из серии «у нас все по-другому» мы часто сталкиваемся с тем, что видим что клиент реализовал целый проект по внедрению какого то своего «особого» учета, и я всегда задаюсь вопросом, принесло ли это какую-то пользу относительно цели? Когда реализация «своего учета» или «своих схем» становиться самоцелью, то видимо все перестают считать деньги или боятся признать свои ошибки и упорно гнут свою линию. Иногда в попытке «оптимизации» несут такие затраты, что если прикинуть выгоду, то дешевле было бы налоги заплатить и ещё пару штрафов сверху. А главное, такие затраты могли бы быть обоснованы, если они были бы разовыми, как некое вложение, но обычно это затягивает как наркотик. А потом внешняя обстановка меняется, меняется законодательство, программу снимают с поддержки или нужно переходить на новую версию, где поддерживаются онлайн-кассы и т. п.
И помимо огромных затрат, оказывается что они ещё и были впустую.